Владимир Понькин – один из ведущих современных дирижеров России. Он был удостоен звания Народного артиста России (2002), дважды становился лауреатом Национальной театральной премии «Золотая маска» (2001, 2003). Решением Министерства культуры и искусства Республики Польша Маэстро был награжден медалью «За заслуги в области культуры Польши» (1997). В 2001 году он получил медаль II степени «За заслуги в развитии Кубани». В 2005 году Совет по общественным наградам России при Российской геральдической палате наградил Владимира Понькина крестом «Защитнику отечества» I степени за заслуги перед Отечеством в области развития культуры в России и за рубежом.
Уроженец Иркутска, Владимир Понькин окончил Горьковскую, а затем Московскую консерваторию и ассистентуру-стажировку по классу оперно-симфонического дирижирования у Геннадия Рождественского. В 1980 году он первым из молодых советских дирижёров стал победителем V Всемирного конкурса дирижёров Фонда Руперта в Лондоне. В разные годы маэстро возглавлял Ярославский симфонический оркестр, Российский государственный симфонический оркестр кинематографии, Краковский филармонический оркестр, Государственный симфонический оркестр, Национальный академический оркестр народных инструментов России имени Н. П. Осипова. В настоящее время – художественный руководитель Кубанского симфонического оркестра.
Особое место в творчестве В. Понькина занимает опера. В 1996 году он был приглашён на пост главного дирижёра Московского академического Музыкального театра имени К. С. Станиславского и В. И. Немировича-Данченко. Его первыми работами стали постановки балетов «Укрощение строптивой», «Ромео и Джульетта», «Суламифь», «Отелло» и «Сказка о царе Салтане», снискавшие большой успех.
С 1999 года маэстро активно сотрудничает с театром «Геликон-опера», в 2002-2017 был главным дирижёром театра, в настоящее время – приглашенный дирижёр. Здесь под его руководством был успешно осуществлён ряд оперных постановок, в том числе «Леди Макбет Мценского уезда», «Лулу», «Кащей бессмертный», «Диалоги кармелиток», «Упавший с неба», «Сибирь», «Садко». В 2002-2006 годах был главным дирижёром Центра оперного пения Галины Вишневской, где принимал участие в постановках многих опер русских и зарубежных композиторов.
С 2016 года Владимир Понькин – дирижёр Клайпедского государственного музыкального театра.
В качестве приглашённого дирижёра он работал с такими коллективами, как Симфонический оркестр Би-би-си, Заслуженный коллектив России Академический симфонический оркестр Ленинградской филармонии, Симфонический оркестр Шведского радио, ведущие оркестры Италии, Австралии, США и другие. Регулярно выступает с Академическим симфоническим оркестром Московской филармонии (художественный руководитель Ю. Симонов).
Музыкант успешно гастролирует по всему миру. Он выступал со многими знаменитыми исполнителями, среди которых певцы Л. Альберти, М. Биешу, Ю. Мазурок, З. Соткилава, Д. Хворостовский, П. Бурчуладзе, А. Георгиу, Х. Кура, Е. Нестеренко, В. Норейка, пианисты В. Крайнев, Н. Петров, Э. Вирсаладзе, Е. Кисин, Д. Мацуев, И. Погорелич, Д. Поллак, Г. Соколов, Э. Чен, В. Ямпольский, скрипачи А. Корсаков, О. Крыса, С. Стадлер, виолончелистка Н. Гутман.
Маэстро представил российской публике ряд премьер произведений К. Пендерецкого и В. Лютославского.
С особой чуткостью Владимир Понькин относится к детской аудитории. Большой популярностью пользуются детские концерты, в которых маэстро принимает на себя роль ведущего и приглашает юных зрителей к разговору о музыке.
С 2004 года преподаёт в Московской консерватории (профессор). Также является профессором кафедры оперно-симфонического дирижирования ГМПИ имени
М. М. Ипполитова-Иванова, даёт мастер-классы за рубежом. С 2017-го – профессор Государственной классической академии имени Маймонида.