Балис Вайткус на сегодняшний день является одним из лучших литовских органистов. Вайткус учился игре на органе в Литовской Академии музыки у Л. Дигриса, в Пражской Академии изящных искусств у В. Рабаса и в Высшей школе музыки в Любеке у М. Хазельбёка. Также Вайкус совершенствовался на многочисленных органных курсах в Haarlem Summer Academy, мастер-классах Ги Бове, Михаэля Радулеску, Пита Кея, Харальда Фогеля, Луиджи Тальявини.
Вайткус ведет активную концертную деятельность с 1983 года. Выступает с органными концертами в Литве, Латвии, Эстонии, России, Украине, Польше, Чехии, Словакии, Германии, Дании, Бенилюксе и Австрии. Он был участником многих органных фестивалей: «Новое органное движение» (Россия), Таллиннский органный фестиваль, «Музыкальные встречи в Нанте» (Франция), «Wiener Festwochen» (Австрия) «St. Christoph Summer Music» в Вильнюсе, «Max Reger festival» (Германия). Выступает с солистами, ансамблями, хорами, исполняет органные концерты с Литовским Национальным филармоническим оркестром, Государственным камерным оркестром, с Новым Вестфальским филармоническим оркестром (Германия), с ансамблем «Musica Humana» как клавесинист.
Балис Вайткус успешно выступал на многих международных органных конкурсах, получил специальную премию на Международном органном конкурсе «Пражская весна» в 1989 году, выиграл III премию и Приз зрительских симпатий на Международном органном конкурсе в Гельзенкирхене (Германия, 1993), II премию органного конкурса им. М.К. Чюрлениса в Вильнюсе (Литва) в 1995 году.