Жан-Батист Дюпон начал заниматься музыкой с 12 лет в Институте Духовной музыки города Тулузы (Франция). Затем закончил с отличием Национальную консерваторию города Тулузы по классу органа. В 2006 году был награжден призом Фрэнсиса Видаля как один из лучших выпускников Консерватории Тулузы. Продолжил свое образование в Высшей школе музыки и танца (Тулуза, Франция). Дюпон является финалистом нескольких органных конкурсов, лауреатом III премии международного конкурса им. Ксавье Дарасса (2008), лауреатом II премии и обладателем Приза зрительских симпатий Международного конкурса им. Микаэла Таривердиева (2009), лауреатом I премии (импровизация) Международного конкурса в городе Сент-Олбанс (Великобритания, 2009). С 1998 года Жан-Батист Дюпон занимает пост постоянного органиста в церкви Аббатства Св. Моисея (Франция).